L’organisation, les missions et les compétences du Musée national suisse (MNS) sont régies par la loi fédérale sur les musées et les collections de la Confédération (LMC) du 12 juin 2009. Depuis son entrée en vigueur le 1^er janvier 2010, le MNS, formé du Musée national Zurich, du Château de Prangins, du Forum de l’histoire suisse Schwytz et du Centre des collections Affoltern am Albis, est devenue une personne morale de droit public, gérant elle-même son organisation et tenant sa propre comptabilité.

Conformément à la LMC, le MNS est soumis à la surveillance du Conseil fédéral qui, entre autres, nomme le conseil du musée, approuve le rapport de gestion et donne décharge au conseil du musée. Le Conseil fédéral définit les objectifs stratégiques du MNS pour quatre ans et contrôle chaque année les résultats obtenus.

Conformément à la loi sur les musées, les organes du MNS sont le conseil du musée, la direction et l’organe de révision. La dotation financière du MNS est arrêtée tous les quatre ans par le Parlement par le biais du Message culture. Le dernier remonte à fin 2020 et couvrait la période 2021–2024.

Conformément à la loi fédérale sur les musées et les collections de la Confédération, le conseil du musée veille à la réalisation des objectifs stratégiques définis par le Conseil fédéral et en rend compte à ce dernier.

Tim Guldimann (président, politologue, diplomate et homme politique), Larissa Bieler* (vice-présidente, directrice de SWI swissinfo.ch et membre du comité de direction de la SSR à Berne), Sonia Abun-Nasr (membre, directrice de la Bibliothèque universitaire de Berne), André Holenstein (membre, professeur ordinaire en histoire suisse ancienne et histoire régionale comparée à l’Université de Berne), Andreane Jordan Meier (membre, avocate et directrice du développement et des affaires externes au Centre hospitalier universitaire vaudois à Lausanne), Marie-France Meylan Krause (membre, archéologue et ancienne  directrice du Site et Musée romains d’Avenches), Fulvio Pelli* (membre, avocat et notaire), Vanessa Rüegger* (membre, professeure ordinaire de droit public à l'Université de Genève)

*Membres de la commission des finances

Conformément à la loi sur les musées, le conseil du musée nomme la directrice ou le directeur du Musée national suisse sous réserve d’approbation du Conseil fédéral, et désigne les autres membres de la direction sur mandat de la directrice ou du directeur. La directrice ou le directeur préside la direction, est responsable de la gestion opérationnelle du Musée national suisse, engage le personnel et représente l’institution à l’extérieur.

de g. à d.: Roman Aebersold (administrateur du Centre des collections), Beat Högger (directeur suppléant et administrateur général), Barbara Meglen (assistente de direction), Denise Tonella (directrice), ​​​​​​​Helen Bieri Thomson (directrice Château de Prangins), Mirjam Richter (assistente de direction), ​​​​​​​Günhan Akarçay (Administrateur général du domaine Transformation numérique et innovation), Heidi Amrein (conservatrice en chef)

* Membre de la direction
** Membre de la direction élargie Musée national suisse